兩岸造樹林
河岸上應盡可能留出空間，種植樹冠較大的樹木，逐步形成林帶，地面則鋪上草坪，貼岸的樹冠還可以伸向河道上空。這樣可以起到以下作用：
（1）大樹扎在土壤里深而密的根須與草坪能夠形成一個土壤生物體系，可以增強生態功能；
（2）岸邊的林帶草坪與河道組合，可以有效地改善地區的溫度、濕度與舒適度，形成一道獨特的風景線。

河坡植草坪（或灌木）
傳統的做法往往忽視生態，把河坡搞成直立式，或用塊石和水泥板覆蓋河坡并勾縫，其實這樣在不知不覺中已經破壞了生物的生長環境。從修復水生態系統出發，有條件的河坡都應植上草坪或灌木。護坡上的草坪和灌木所起的作用很大： （1）草坪和灌木與土壤形成的土壤生物體系，同樣可以像兩岸的樹林與草坪一樣，起到減少有機物對河道、湖泊的沖擊和營養化程度的作用，有些灌木的根須還能夠直接伸到水體中吸收水中的營養成分；
（2）河坡是水域向陸域的自然過渡帶，草坪和灌木與土壤的結合，改善了溫度、濕度，提供了食物；
（3）在穩定邊坡、防止水土流失的同時，改變了護坡硬、直、光的形象，給人們以綠色、柔和、多彩的享受。

城市化地區的部分河道，由于整個地區水面積的嚴重不足，為了確保水安全，提高河道汛期的蓄水量，不得已加高加固了防汛墻。彌補的辦法是，在墻的陸域一側種植綠色的爬藤植物，從下爬到上，到了頂以后從上爬到下，一直到水面；有條件的地區，可在防汛墻的兩面依墻分層建一些條式和點式的花壇，種上灌木或花草；硬質結構的直立或斜坡式護坡，宜種植一些垂枝灌木。

水邊栽植物

水邊是水生態系統里一個非常重要的組成部分，要盡可能構建挺水植物多樣性的環境。在種植方法上，一般可以直接栽在河邊的灘地上、斜坡上，也可栽在盆、缸及竹木框之類的容器做成的定床上；直立式防汛墻的下面，在不影響河道斷面的基礎上，利用河底淤泥在墻邊構筑一定寬度并有斜坡的濕地帶，創造挺水植物生長的條件。

水流多樣化

新的河道治理理念，要求在基本滿足行洪需求的基礎上，宜寬則寬、宜彎則彎、宜深則深、宜淺則淺，形成河道的多形態、水流的多樣性。其作用有兩條：
(1）水流的多樣性，能夠滿足不同生物在不同階段對水流的需要；
(2)河道的多形態、水流的多樣性本身是水系景觀的一個重要組成部分。

水中建濕地
河流、湖泊中的濕地，是修復水生態系統的一個重要手段，也可以稱為土壤生物工程，國內外有些中、小城市甚至用來處理城市的生活污水。河道與湖泊的治理中，在基本不影響行洪和槽蓄功能的前提下，應盡可能保留和建設一些濕地，一切都要因地制宜。另外，濕地也是水景觀中不可多得的重要一筆，它充滿了野趣、野味和自然氣息，是人們回歸自然的一種象征。

水面養萍草
水面上的植物有兩種，一種是根在水里的浮水植物，如水葫蘆、水葫貍等；另一種是根在河、湖底泥里的浮葉植物，如荷花、水鱉等。

水下種水草
實踐證明，水草茂盛的水體，往往水質很好，而且清澈見底。人工種植水草，也是修復河道、湖泊水生態系統的重要一環。 水里養魚蝦 在放養魚蝦時，要注意食草性、食雜性、食肉性之間的搭配。魚蝦在的水里自由洄游，在水面泛起陣陣漣漪，使河道、湖泊顯得生機蓬勃。 水底爬螺蚌 螺蚌等貝殼類動物和大量的底棲動物，在水底形成了另一個世界，它們是名副其實的水底清道夫，其作用不可小看。 曝氧放細菌 人們肉眼看不到的細菌、真菌、放線菌、土壤原生動物等生物種群的生存和繁衍，不斷地將水中的有機物質分解成無機物質和水，它們需要充足的氧氣，所以，應盡量用各種方法和手段進行曝氧，通過增加水體中氧氣的方法來促使好氧細菌的生長繁殖，以達到增強和加快分解水中有機污染物的目的。 管理經常化 修復水生態系統，就是要通過人的努力，連接河道、湖泊中產生者―消費者―還原者的生物鏈，并積極地、經常不斷地進行必要的干預，促使其達到平衡。