水環境治理，特別是水環境綜合治理，是一個系統的多專業交叉的領域。通常來說，水環境與土壤不可分割，所以既有了環境巖土工程的說法，比如說過度抽取地下水對城市地面沉降的影響，這就是水對巖土工程的影響。

水環境治理，也有工程方面的問題，比如這些年由于地面硬化導致城市在暴雨來襲時雨水來不及滲入地下，而在地表形成徑流和積水，導致城市內澇問題。所以這些年開始倡導海綿城市問題。海綿城市，屬于水環境治理的一個分支。但該分支直接影響到市民們的生活安全和生活水平，所以尤為重要。

水環境治理，往往是一個區域的治理任務。比如沿長江流域的治理，或環太湖的水環境治理。綜合治理，而不是一家一地就可以治理了的。這時候需要中央統一協調，綜合治理。

水環境綜合治理，又是多專業的合作，比如有地下水雜質的剔除，重金屬的物理化學治理等，生物生態治理等。

水環境治理是一項工程量大、涉及面廣、情況復雜的綜合性戰略性社會工程，必須“統一規劃、分步實施；標本兼治，重在治本；條塊結合，以塊為主；注重實效，治管并舉”，從而實現改善人居環境，提高城市品位，促進經濟和社會可持續發展的目標。水環境治理有以下幾個特點：
1、治理的規模比較小，比較分散；
2、治理的區域差異大，對治理的要求不高，管理不平低下；
3、不重視污水的治理，投入的資金少，沒有科學的治理目標。

水環境綜合治理技術：
（一）自生動態膜生物反應器結合土地處理技術。這種技術可以讓自生生物動態模更加的穩定，保持住自生生物凈化水源的最佳處理效果。
（二）自生動態膜生物反應器結合穩定塘處理技術。這個技術可以使土地滲透系統的施工難度降低，減少施工投入的資金。