（1）嚴格遵循循環再生．和諧共存、整體優化、區域分異等生態學原理

循環再生原理：生態系統通過生物成分，一方面利用非生物成分不斷地合成新的物質，一方面又把合成物質降解為原來的簡單物質，并歸還到非生物組分中。如此循環往復，進行著不停頓的新陳代謝作用。這樣，生態系統中的物質和能量就進行著循環和再生的過程。生態修復利用環境一植物一微生物復合系統的物理、化學、生物學和生物化學特征對污染物中的水、肥資源加以利用，對可降解污染物進行凈化，其主要目標就是使生態系統中的非循環組分成為可循環的過程，使物質的循環 和再生的速度能夠得以加大，最終使污染環境得以修復。

和諧共存原理：在生態修復系統中，由于循環和再生的需要，各種修復植物與微生物種群之間、各種修復植物與動物種群之間、各種修復植物之間、各種微生物之間和生物與處理系 統環境之間相互作用，和諧共存，修復植物給根系微生物提供生態位和適宜的營養條件，促進一些具有降解功能微生物的生長和繁殖，促使污染物中植物不能直接利用的那部分污染物轉化或降解為植物可利用的成分，反過來又促進植物的生長和發育。

整體優化原理：生態修復技術涉及點源控制、污染物阻隔、預處理工程、修復生物選擇和修復后土壤及水的再利用等基本過程，它們環環相扣，相互不可缺少。因此，必須把生態修復系統看成是一個整體，對這些基本過程進行優化，從而達到充分發揮修復系統對污染物的凈化功能和對水、肥資源的有效利用。

區域分異原理：不同的地理區域，甚至同一地理區域的不同地段，由于氣溫、地質條件、土壤類型、水文過程以及植物、動物和微生物種群差異很大，導致污染物質在遷移、轉化和降 解等生態行為上具有明顯的區域分異。在生態修復系統設計時，必須有區別地進行工藝與修復生物選擇及結構配置和運行管理。

（2）影響因素多而復雜
生態修復主要是通過微生物和植物等的生命活動來完成的，影響生物生活的各種因素也將成為影響生態修復的重要因素，因此，生態修復也具有影響因素多而復雜的特點。

（3）多學科交叉
生態修復的順利施行，需要生態學、物理學、化學、植物學、微生物學、分子生物學、栽培學和環境工程等多學科的參與，因此，多學科交叉也是生態修復的特點。